Comment faisait-on avant la nouvelle ère de séquençage ?

Isabelle Soubeyran : L’idée est de rechercher, à partir de l’ADN de la tumeur, des mutations (ou anomalies des gènes) qui rendent la tumeur sensible ou résistante à certains traitements et ceci de façon à adapter le traitement individuellement pour chaque patient en fonction des mutations observées . Jusqu’à maintenant, les techniques ne permettaient pas d’ étudier plusieurs gènes en même temps. C’était donc un véritable travail de fourmi, limité au mieux,  à moins d’une dizaine de gènes pour chaque tumeur.

Aujourd’hui, grâce au NGS, nous pourrons regarder simultanément en une seule manipulation, l’ensemble des anomalies génétiques d’une tumeur. La somme d’informations récoltée pourra être multipliée par plusieurs centaines par rapport aux techniques jusqu’à maintenant utilisées et permettra réellement de dresser un profil génétique de la tumeur et de mieux adapter les traitements.

Quel est l’intérêt direct pour les patients ?

I.S. : Grâce aux données récoltées, nous pourrons adapter le parcours de soins et la séquence thérapeutique de façon individuelle, c’est-à-dire préférer par exemple commencer par une chimiothérapie plutôt que par la chirurgie, mais le principal intérêt est de pouvoir proposer de nouveaux médicaments  appelés   « thérapies  ciblées ».  Il faut imaginer que l’anomalie moléculaire est une serrure et le médicament ciblé est la clé qui va permettre de débloquer la serrure. L’avantage des thérapies ciblées est d’être plus spécifique donc plus efficace et moins toxique. On gagne donc également en qualité de vie. L’intérêt d’une technique telle que le NGS est la somme considérable d’informations générées finalement en un temps record qui permettra de proposer à chaque patient un traitement individualisé « à la carte ».

D’autres centres en France sont-ils déjà équipés ?

I.S. : L’acquisition de ce séquenceur nouvelle génération dédié à la génétique moléculaire des tumeurs va permettre à l’Institut Bergonié de rester parmi les premiers centres en France, avec par exemple l’Institut Gustave Roussy de Villejuif, et à expérimenter et mettre en place le séquençage massif dans cette application. C’est un mouvement général qu’il fallait anticiper pour rester dans le peloton de tête !

Le séquenceur, dont 180000 euros sont financés par les membres de la Fondation coûte à lui seul cher, sans compter les coûts annexes, et la rémunération d’informaticiens spécialisés en génétique moléculaire, indispensables à l’analyse des données, devenus très rares en France.

C’est un coût important, comment le justifiez-vous ?

IS. : Le séquençage coûte cher, c’est vrai, mais si l’on tient compte de la prise en charge globale d’un patient, il est moins cher de dresser au départ la carte génétique de la tumeur et d’administrer les bons traitements aux bons patients plutôt que d’administrer le même traitement à tous les patients ou de ne pas pouvoir faire bénéficier un patient d’une nouvelle thérapie par méconnaissance de cette carte génétique.